在风景秀丽，气候恼人的王冠市，行将进行神奇瑰宝足篮世界杯角逐，届时，多量的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢欣的海洋当中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前去王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇瑰宝，它不但能够变幻成人类的姿势，还能够通过心电感应和人类交换。
小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然产生了神奇瑰宝暴乱事务，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们倡议了进攻，城市当中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻觅的伙伴。
