在参拜母亲宅兆的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的进犯，环节时刻2号机所向无敌挫败敌手，真嗣也由此结识了2号机的操作者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）差别，明日香自信声张，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人别离驾驶着零号机、初号机和2号机，反抗了第八使徒猛烈的进犯，在这一过程当中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残暴考验……
本片为福音兵士新戏院版四部曲第二部。
