远古之神"大蛇"诡计灭世，因此发生了两位救世巫女。两位巫女经由一直地轮反转展转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而本来只是普通高中生、却为"日之巫女“转世的来栖川姬子以及"月之巫女"的转世姬宫千歌音，为了再次封印大蛇，不能不想法子招待传说中的剑神"天之丛云"。大蛇的八个家丁们(人道的八个黑暗面)为阻止两人招待天之丛云，而屡次对她们策动袭击；这时，本来应当是"大蛇"之一、排名顺序七的大神相马由于暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屡次地抢救她们，但却又激发了另一场风波。一直轮回的两人，无法分手的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。
