纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于打仗了含有放射性物质的凝胶而变异为庞大的人化生物。急躁冲动却富有豪情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），诙谐风趣的的米开畅基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti 饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman 饰），这四只工夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市吊民伐罪的神圣任务。他们神勇无比、所向匹敌，在屡次抱不平后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织睁开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
