1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头子中除韩琛（曾志伟 ）外，均乘机背叛举事，不意却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇 ）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生 ）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐 ）渗入倪家进行长期的卧底事情，而韩琛为了稳固权势，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希 ）。三年后，奇迹蒸蒸日上的倪永孝为高枕无忧，决意将五大头子一举消灭，却因忽视让韩琛成为丧家之犬。
1997年，劫后余生的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事件，不久却发明此举铸成大错，而各自为自己的为难身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。
