22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星，并延续向地球发射带有激烈放射性物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被迫转到地下求生。在这生死关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几近三军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最初的进展。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发明该装置竟然能消弭放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高聪明生物那里追求赞助，人类决议背注一掷，吩咐消磨大和号进行这次远征。火星之战中落空哥哥的原宇宙舰队成员现代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众密友成为了见证巨大汗青时刻的一员。而得知人类意向的加米拉斯也倡议了一波波的致命进犯…… 本片按照松本零士的同名原著改编。
