以成为神奇瑰宝巨匠为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇瑰宝活着界各地进行艰苦的求学之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在本地一对小兄妹的先容下，小智一行前去神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极为危险的环境。环节时刻，掌管时候的迪亚鲁加和守御神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）赞助了他们，能与神奇瑰宝心灵相同的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，缔造了世界的神奇瑰宝行将苏醒，它不但会使时空扭曲错乱，还将为世界带来扑灭性的灾难…… 本片为神奇瑰宝系列第十二部电影戏院版。
