创圣纪0011年的地球，因为11年前的大异变，人类损失了2/3的生齿。 南极冰山熔解，1万2千年前衰亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械火器「神话兽」接连送入人类的都市，捕捉人类，摄取生体能源「Purana」。 另一方面，人类决心还击，从海底遗迹挖掘岀三台组合（hybrid）战役机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入衰亡绝境的传说中的火器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」行将现身。 要启动Aquarion，需要能与机体的机械性命感应和共识，称为「Element」的人。这要求出格敏锐的五感和纯粹的魂魄，是以十五岁阁下的少年少女们被选为机师，集中起来。 而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…
