近将来，昔时繁华喧哗的东京因核电站事务酿成了死城，被成为世界第一大鬼魂城市。然而即便在这座死寂的废墟中，仍有幸村者盘桓于此。20XX年，三名没有配备任何防辐射装备的少女出现在旧东京。她们名叫成濑荆（户松遥 配音）、深作葵（花泽香菜 配音）、野村妙子（明坂聪美 配音），是通过遗传基因革新生下来生成具有抗辐射能力的少女，统称“COPPELION”。在防卫大学附属特别工科黉舍教官三岛鬼兵陆佐（小山力也 配音）的批示下，少女们四处搜刮幸存者，史无前例的经历以及感受相继而至，少女们的心中作何感触…… 本片按照井上智德的漫画原作改编，COPPELION少女们的姓氏均来自日本著名导演，通俗人姓氏则来自日本的文豪作家。
