“闇之书事务”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的胡想实现而进入时空管理局，并以一流魔导师的身分活泼。 在此傍边，出现了新发明的邃古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械火器“共识拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应往后被称为“圣遗晶石事务”的状态，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的自力部队的需要性，设立了专责处置与邃古遗产干系使命的特别部队——“灵活六课”。 另一边，时候回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火警卷入而几近丧命之际，由于奈叶的出现而获救。由于向往著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决议。 四年后，经过一番挫折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校期间的伙伴蒂雅娜...
