故事产生在天保14年的江户。那时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生存在极端困扃中。国内government的榨取，加上本国殖民者入侵的威逼，在江户的街头巷尾中满盈着一种不安的氛围。在不为众人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对本国传入的学术文明进行研究调查的『蛮社改所』，而现实上则是专门对于列国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密扼杀的government隐蔽机关。该组织的头子名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并死力证明实在用性的学者。然而却不能不服从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的难以想象气力“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承当着黑暗珍爱江户的职责...
