寇克将军，欢迎您重返企业号！
一团庞大无比的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的能力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大权势的星舰遇难了……
地球-银河系星球联邦的重镇，星际舰队总部的地点地。在位于北美洲旧金山的星际联邦舰队总部，寇克将军正像往常一样百无聊赖无所事事，突然间却接到了一个再好但是的敕令检视企业号预备履行紧急使命。原来地球的防卫系统己经发明了那团高能离子云，而且侦测出它正瞄准地球飞来。寇克将军的使命，就是要赶在它达到地球之前，率领企业号先迎上去一探讨竟。
阔别了快要十年，当寇克重新登上企业号时，心里的高兴与激动真是难以形容。可是当他 随着现任的舰长迪卡检阅过了职员与装备以后，却又不由鼓起不少陌生的感觉。由于经过 这些年来的不竭改进，企业号的功用与能力都加强了许多，但也因此使得前任的舰长寇克 将军有点摸不着头绪了。
但是还好的是，接下来马上就有很大的惊喜冲淡了这份陌生感神通恢弘的寇克竟然在短时候之内几近把老战友都找齐了！破例的只要史波克师长，他由于正在瓦肯星进行高深的修炼，以是没有法子赶来，成了这次使命的独一遗憾。
由于寇克是星际舰队的高级长官，以是在动身以后，迪卡舰长只好很不情愿地临时交出批示权。一起头的时辰，两位新旧舰长之间难免有些偏见与磨擦，但渐渐地就由于相互领会而变得同病相怜。寇克发明迪卡的确是个优异称职的好舰长，而迪卡也起头真正地把寇克 敬作父执。原来迪卡的父亲也曾做过寇克部下，后来却不幸在末日武器那个事务中英勇牺牲了。
企业号上的新面孔，除了迪卡舰长以外，还有一名美丽的女领航员伊莉雅。虽然她是德罗坦星人，但除了有头发以外，倒是地球人眼中的标准美女，连迪卡舰长都曾与她有过一段罗曼史。
在迎向能量云的途中，企业号突然产生严重故障，不行不把速度减慢下来。没想到此时史 波克却不测埠出现了，使得所有的老战友全都高兴不已。原来史波克还是没有通过最初的考验，他体内深藏的人道仍然没法根除。当史波克面对现实完整想通以后便决议还是回到星际舰队来继续退役。
但是，在精通心理学而洞悉人道的麦考伊眼中，却曾经看出了寇克与史波克的庞杂表情。他感觉到他们最关怀的似乎并不是这次的使命，而是返企业号的造诣感。
由于史波克的高超能力，很快就帮史考特等人解除了一切故障，使得企业号能实时迎上那团能量云。不意正当穿进云层时，伊莉雅却突然被一种不知名的气力掳走，然后却又传送回来了一个与她如出一辙的复制人。据这个复制的伊莉雅说，她是那团云派来作为两边沟通的前言。原来这团云竟然是个有聪明的个别！它透过假伊莉雅，传播鼓吹自己的名字叫『威 者』（V'ger），正要航向地球去寻觅自己的缔造者，而且还要试图与缔造者结合。接着假伊莉雅又掉臂世人的疑惑，反而起头询问有关企业号的问题。由于过去与伊莉雅的一段渊源，迪卡便天经地义地负责与这位假伊莉雅沟通，他还时时地行使这种特殊关系，试着向她套取更多威者的谍报。
当这团能量云还剩几个小时就要达到地球时，史波克私行偷了一艘小型登陆艇，单枪匹马地驶向云层内部，试着用瓦肯人的心灵感应术与它沟通。结果史波克发明威者竟然是部活机器，它的田园在银河系的别的一端，是一个全数由机器人统治的星球。
虽然威者具有无比壮大的能力，却与人类一样有个始终没法解开的谜-不知道自己的生命从何而来？但史波克不行领会的是，它为何要到地球去寻觅答案？
由于没法阻止威者，企业号只好随着它一路航向地球。达到地球以后，威者立刻起头用各类讯号呼叫它的缔造者，结果当然是得不到覆信。但又不知是甚么缘故，威者却认为这全 是地球上的『碳基生命』干扰而至，是以决议要把所有的生物全数消灭！
好在寇克情急智生，骗假伊莉雅说缔造者必需先与威者面对面打仗，然后才肯回覆它的问 题。假伊莉雅信以为真，便率领寇克、史波克、麦考伊与迪卡一路走向能量云的核心。没想到却发明里面只要一艘老式的宇宙飞船在300年前从地球发射的『航海家二号』（Voyager-Ⅱ）。原来它在飞过了那个机器人的世界以后，被革新成一部有聪明与认识的机器，然后又继续履行人类在三百年前赋予它的原始敕令『汇集一切资料并立刻传回地球』。
水落石出以后，威者却又提出一个更惊人的要求，它说它想要真正地拥抱自己的缔造者-人类。因此迪卡舰长挺身而出，在一片奇怪耀眼的毫光中，与威者以及复制的伊莉雅结合成一体。威者融合了迪卡与伊莉雅的人道，酿成一种极新的生命形状，得偿所愿地离开地球，继续它无尽的宇宙探险。地球的危急也就此化解。
