在晴朗明媚的一天，羊村正进行防御系统揭幕典礼，这是慢羊羊村长的最新发明，该系统能够抵制上千伏的电压。谁知这时灰太狼突然出现搅局，不久前他发明了羊味罐头，由此成为现今最炙手可热的科学家，可是没能抓到小羊依然是贰心中隐隐的伤痛。灰太狼操纵天色掌握器与羊羊特工队睁开殊死搏斗。受伤的喜羊羊有时结识了熊猫旺财，而对方的真实身份是灭绝了许久的蛇。受挫的灰太狼专心进级天色掌握器，却疏忽了老婆和灰灰的感受，而他的失误也致使天色掌握器失控。危难时刻，青青草原的列位不测发明长远之前蛇族发明的诺亚神舟。可是为了启动神舟，必需获得蛇族的赞助。为此，羊羊特工队和机械喜羊羊踏上阴险莫测的冒险旅程……
本片为《喜羊羊与灰太狼》系列第五部戏院版动画。
