第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思惟却被困在介于“母体”和真实世界的中央地带，这个处所由“火车人”掌握。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的环境，在守护天使的率领下， 找到了“火车人”的掌握者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安倡议了猛烈的进犯，人类组织所有机甲兵士睁开顽强的反抗，情势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船降服重重难题，达到机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，两边谈判并达成了和谈：尼奥除掉不受“母体”掌握的史姑娘，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史姑娘睁开了关系人类生死生死的最后决战。©豆瓣
