2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明 饰）一派拼尽全力阻挠“同伙”的人类灭尽计划，但他们的反抗以失败了结。是夜过后，贤知一派被诬为残杀人类的可骇份子，而“同伙”则冠冕堂皇成为了救世主，为万众膜拜和敬佩。
2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨 饰）已发展为特立独行的青春女孩，她非常反感教科书对舅舅的歪曲，经常和老师产生争辩。终极，校方决议将她和另一名曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏 饰）送入“同伙乐土”。与此同时，曾在“同伙乐土”接管革新的异装癖男子有时得知“同伙”的秘密，被警方杀戮。目睹这一幕的神乃决议进入“同伙乐土”一探讨竟。
另一方面，新的万国展览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司 饰）越狱而出，贤知一派幸存的同道们纷纷聚首。在这个暗流澎湃的时刻，人类的命运将再次改写……
本片按照浦泽直树同名漫画改编。
（影片简介中触及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）
