明朝嘉靖年间，抗倭名将张经为奸臣所害，倭寇在汉人王直和日本人小泉的率领下，乘机大举入侵东南沿海，烧杀抢掠，无恶不作。明朝官兵几回再三溃败。戚继光受命到浙江义乌招募勇士，成立戚家军，以匹敌倭寇。
冯子明将军为义乌籍人氏，与戚继光同业，他也是戚继光此行募兵的领导。为平安，两人扮成普通生意人，向义乌而来。两人途经一个方才被倭寇洗劫过的村庄，村民均遭残杀，独一的活口是村口树上被钉着的一个男子。这是倭寇习用的手法，让人求生不得，求死不行。男子告知戚继光，是王直亲身率领倭寇来屠村的。男子不愿等死，请求戚继光杀了他，给他个痛快。戚继光虽然不忍，但最终还是杀了那男子。
戚继光和冯子明为被害村民进行了火葬。看见熊熊火焰将尸身淹没，烟雾满盈半空，戚继光再也掌握不住心头的愤慨，掉臂冯子明的劝阻，只身匹马追击王直而去。
追至一处，戚继光勒住马，查看路上的马蹄印，他判定出王直就在前方不远处。因而，他抄近路，打马向山上奔去。戚继光凭仗精湛的骑术，穿行于山中的树木和灌木丛，如履高山。戚继光立马山顶，居高临下，俯瞰岭下。眼底的山峡里，有一条狭窄的巷子，一群倭寇正落拓地打马而行。此中一人，一身富丽的红袍，在一行人中非常醒目。
戚继光张弓搭箭，高呼王直的名字。
红袍人等于王直。他昂首，循声望去。戚继光箭去如流星，正中王直左眼。王直回声倒地。戚继光搭箭再射，一个倭寇以身护住王直，中箭倒地。其他的倭寇纷纷找障碍躲藏。戚继光射出一根箭，再搭上一根箭。箭无虚发。直到射完一壶箭。杀伤十数倭寇。倭寇不明敌情，护着王直，策马狂逃，逃逸不见。戚继光这才引马而回。
倭寇护卫王直回到倭寇大本营。倭寇的大本营建立在隐秘的半山腰，岗哨重重，关口道道。闻讯而出的倭寇早已聚集在广场，茫然地看着仓皇逃回的伙伴。王直的战马吃惊，人立而起，把王直重重摔了下来。
戚继光和冯子明来到了义乌城，但见一派繁荣安宁的景象，人们的表情也都安静而祥和。倭寇的铁蹄尚未曾踏入过这片地盘。戚继光从被战火摧残的疆场而来，眼前所见的景象，对他简直就如同世外桃源般美好。冯子明阔别十三年后，重归故里，神情也非常激动。两小我经过一家祥瑞客栈。看见客栈门口聚集了一群看热闹的闲人。一个白衣飘飘的女子，手执接风，稳稳地站在一根树在空中的细竹竿的顶端，正拂拭着牌匾上的灰尘。女子名叫玉环，是祥瑞客栈的当家人。她感遭到观众的热情，回首回头回忆嫣然一笑。但她的面容和她的背影形成激烈的反差。她长的并欠都雅，但在客栈对面一间肉摊的老板王如龙的眼中，她倒是美如西施。王如龙刀法精熟，一刀斩去，猪肉份量涓滴不差。
玉环在人群中发明了戚继光，眼前一亮，她有意从竹竿上摔下来，看摔的方向，明显是冲着戚继光来的。她进展戚继光能接住她。王如龙却早已腾空而起，高高跃在半空，将玉环揽在怀中。看得出来，王如龙和玉环是一对欢喜冤家。王如龙追求玉环，玉环却一向不置能否。
戚继光和冯子明两人牵着马，朝县衙而去。玉环却由于戚继光没接住她而有些生气，有意难堪戚继光。好在冯子明和王如龙是老相识，两人多年未见，终于认出了对方。两人昔时同拜一师，是师兄弟关系。刁蛮的玉环这才没有继续无理取闹。
戚继光和冯子明来到县衙门前，看见招募官兵的红榜曾经贴出。两人见到义乌县令赵大河，问起募兵进展，却被奉告连一个报名从军的人也没有。戚继光心中一凉，照这样看来，一个月内要招满三千官兵，绝对是不成能实现的使命。赵大河却告知他，只有能找到一小我，请他出头，振臂一呼，别说三千，五千官兵也招获得。这小我就是陈九爷，义乌最大的杨氏家族的族长。在义乌这块处所，陈九爷年高德劭，出言如山，义乌银矿的矿工奉其侄儿陈大成唯首是瞻，陈九爷昔时乃是皇上的太医，号称医术全国第一。十八年前，陈九爷的妃耦不幸难产而死。陈九爷由于不行救活自己的妃耦，立誓从此不再行医，隐居起来，不问世事。也不知道他是否还健在人世。但是，陈九爷有两个女儿。大女儿玉环，小女儿鸳鸯，现在就打理着祥瑞客栈。要探问陈九爷的着落，只有从她们两姐妹身上着手。
戚继光和冯子明重回祥瑞客栈，扮作住店的客人。鸳鸯坐在柜台前面，正在绣花。她美丽的容貌，正好和她的姐姐形成鲜明的比较。戚继光和鸳鸯四目相投，互生好感。
王直自挨了戚继光一箭，病情危机。而在倭寇内部，也存在权利奋斗。小泉仗着是日本上将军的儿子，早就垂涎王直手中的军权。他据说王直受了重伤，危在旦夕，便前来探个究竟，预备乘机发乱，掠取军权。数名武士跪守在王直卧室门前，不许任何人进入。武士中有一个美丽的女子，她名叫千智子，是一个忍者。小泉带着两个护卫，筹算硬闯王直卧室，遭到武士阻拦。小泉拔刀，一刀砍翻此中一个武士。然而，千智子和其他武士一脸冷酷，毫不让步。小泉无奈，也只好到倭寇的议事厅去等候王直。
在王直的卧室里，王直手中拿着从他眼睛上剪下来的箭，看着箭尾上刻的一个“戚”字，知道是戚继光伤了自己。医生告知王直，箭头还留在他的眼睛里面。不取箭头，还能活半个月。取出箭头，生怕马上就得死。王直盛怒，要杀医生。医生为保命，便向王直保举自己的师父——义乌的陈九爷。只有他，才能治好王直的伤。王直派千智子前去义乌，务必找到陈九爷。卧室里只剩下王直和角落里的神秘人。神秘人来到王直床前，摘下斗笠。他的长相和王直如出一辙，名叫大冢，是千智子的哥哥，也是王直的影子武士。（影子武士的概念，可参见黑泽明的影武者。）王直敕令大冢取代他出现，取代他发号出令，要让所有的人都看到，王直没有受伤，王直活得好好的，以稳定倭寇军心。
小泉看见大冢，他以为大冢便是王直，又见他并没有受伤，大吃一惊。小泉远在日本的父王五十大寿期近，为预备贺寿之礼，小泉发起大冢掳掠义乌银矿。大冢赞成了小泉的计谋，但要求小泉和自己同业。
冯子明邀请他的五个师兄弟进入抗倭队伍。他先找到王如龙。王如龙辞让说自己只是个杀猪的。冯子明说，杀猪和杀倭寇有区分吗？王如龙进入。冯子明再去找二师兄叶大正。叶大正已落发为僧，他和昔时的鲁智深很象，酒肉穿肠过，佛祖心头留。冯子明和王如龙来找他时，他正在煮一锅鸡汤。他试图藏起鸡汤，反而害得自己被烫伤。叶大正辞让说自己是落发人，慈善为怀，不行杀生。冯子明劝道，为救生而杀生，佛祖必然不会怪罪你的。叶大正进入。冯子明和王如龙又说服了巨匠兄毛子高、六师弟楼楠进入。最后找到三师兄吴惟忠。吴惟忠是开马车行的，治有不菲的家当，他也最终被冯子明说服。
冯子明找的这五个师兄弟各有绝技。巨匠兄毛子高是鸡毛换糖的小贩，玄铁扁担，举重若轻，全国利器。二师兄叶大正，霹雳罗汉棍，一棍扫出，力重千钧。三师兄吴惟忠的鬼影子轻功，飘忽不定，快如闪电。四师兄王如龙就不消说了。六师弟楼楠，是教书师长，玉骨折扇，点人穴道，百步穿杨。
鸳鸯来到大梵宇，为她死去的父母许愿。戚继光同业。在大梵宇住持的挽劝下，戚继光也在佛前许下心愿：“封侯非我意，进展海波平。纵然戚继光马革裹尸，也死而无憾。” 鸳鸯听了戚继光的许愿，知道他是个伤时感事的有为将领。
千智子女扮男装，带着两个忍者，来到祥瑞客栈，探问陈九爷的着落。玉环告知他陈九爷曾经过世多年。千智子不相信，在店里住下，预备乘机调查。
一队前去义乌银矿提银的官兵，遭遇大冢、小泉和十几个倭寇的伏击。官兵被赶尽杀绝，不留活口。调银令符落入了倭寇手中。大冢、小泉和倭寇换上官兵的衣服，装扮成官兵。大冢一行找到三师兄吴惟忠，要租他的马车一用。吴惟忠视破他们的身份，佯装应承，暗地里却召集师兄弟商酌对策。
大冢一行又来到祥瑞客栈饮酒吃饭。戚继光和鸳鸯上完香回来。小泉看见鸳鸯，上前调戏。戚继光以为他们是真的官兵，便以大明参将的身份，将小泉一顿训斥。大冢不想被揭露身份，便要小泉赔礼道歉。小泉只得照办。大冢不敢久留，匆匆率众离去。戚继光看见大冢非常面熟，却又想不起究竟在那里见过。
当天晚上，在客栈后院，鸳鸯提着一个竹篮，篮子里有酒有菜，向角落里的一个房间里走去。鸳鸯走入房间，房门立即被关上。千智子和两个忍者皆是夜行妆扮, 在暗处窥伺。千智子大喜，认为陈九爷必然就藏在那房子里头。等鸳鸯离开后，千智子潜入房间，却发明只是一座灵堂。供着鸳鸯父母的灵位。千智子见陈九爷已死，则王直也必死无疑。她因而潜入戚继光房间，要为王直报仇。
戚继光刚从县衙门回来，正好碰见鸳鸯。鸳鸯告知戚继光，她父亲陈九爷还活着，隐居在一个秘密的处所，谎称死去是为了防众人打搅。鸳鸯答应戚继光，明天早上就带他去见她父亲。千智子潜伏在房间的横梁之上，当她听到陈九爷还活着的消息，便暂时撤销了杀戚继光的动机。这时，冯子明、楼楠、王如龙、叶大正、吴惟忠、毛子高进入房间，鸳鸯告辞而去。六个师兄弟觉察出房间里还有他人。六人围攻千智子。千智子抵敌不住，受伤而逃。楼楠、王如龙、叶大正、吴惟忠、毛子高各挑一方向，追将进来。楼楠追踪到树林，终于追到千智子。楼楠惑于千智子的美貌，下不了杀手，放千智子而去。
次日。
鸳鸯和戚继光驾着一叶小舟，踏上了陈九爷的路程。他们谁也没有察觉，千智子就紧贴在船底，跟踪着他们。一条蛇游动在千智子身上，千智子一动不动，表现出忍者的残忍和顽强。鸳鸯和戚继光弃舟上岸，来到陈九爷的隐居之处。此处依山傍水，风景秀丽，一处孤坟，旁边结有一个简陋的茅房。陈九爷隐居在此，陪伴着他死去的爱妻。
千智子和两个忍者追踪而至。千智子绑架了陈九爷，戚继光虽然奋力杀死了两个忍者，但还是让千智子挟持着陈九爷逃去。打架中，鸳鸯被忍者用刀刺伤，而刀上淬有巨毒。戚继光将鸳鸯带回客栈，刀伤易治，巨毒却难解。
再说大冢一行，他们作明朝官兵妆扮，带着从吴惟忠那里租来的六辆马车，前去义乌银矿提银。六辆马车的马车夫别离是冯子明、楼楠、王如龙、叶大正、吴惟忠、毛子高。倭寇尚蒙在鼓里。银矿的矿官见来的官兵没有一个熟面孔，然而调银令符倒是如假包换，也只好将银库打开。大冢胜利提到银子，拂袖而去。在三岔路口，马车溘然向差别的道路驶去。倭寇这才知道被骗。急遽追赶。冯子明、楼楠、王如龙、叶大正、毛子高、吴惟忠六人各展绝技，大北倭寇。大冢被杀，小泉侥幸逃脱。吴惟忠提议六人把银子分了。归正也没人知道。然而朋友们都否决他的提议。吴惟忠被朋友们说服。银子无缺无损地送回银矿。
赵大河见到大冢人头，以为是王直本人，大喜，向朝廷上奏折报捷。严嵩接到赵大河的奏折，派其子严世蕃前去浙江，欲带大冢人头回京。
陈九爷被千智子带回倭寇大本营。陈九爷谢绝为王直治疗，宁肯同死。但当他得知鸳鸯中了咱们日本忍者的独门毒药，只有他才能救时，他犹豫了。十八年前，他没能救活他的妃耦，现在，他不行再任由女儿死去。但当他治好王直以后，王直却食言，不愿放他归去。
王直和小泉谋划再抢义乌银矿。千智子绑架了严世蕃，作为活的调银令符。小泉率领着倭寇，押着严世蕃，来到银矿，矿官无奈，只得任由倭寇把银子提走。矿工们皆是满脸愤慨。倭寇则是洋洋自得。倭寇返回途中，遭遇到戚继光和冯子明六师兄弟。
戚继光先救回严世蕃，护送回县衙。戚继光请严世蕃留在义乌督战，严世蕃一刻也不敢再在浙江逗留，立即逃回京城。冯子明六师兄弟留下和倭寇睁开混战。倭寇被打败。六人有意放小泉逃走，一起跟踪，以找出倭寇大本营地点。在跟踪小泉的一起之上，六人看见倭寇对沿海处所的群众酿成的庞大危险，皆是极度愤慨。楼楠拿出纸和笔，以绘画的体式格局，将倭寇的暴行记录了下来，以让更多的人知道。
鸳鸯的身体日渐虚弱，她自知来日无多，日夜赶绣送给戚继光的一面战旗，进展能给戚继光一个惊喜。玉环又爱又怜，也帮着鸳鸯一起绣。
小泉孤身一人逃回倭寇大本营，王直大为光火。冯子明六师兄弟分红两路，趁夜袭击倭寇大本营，叶大正、毛子高、吴惟忠为一起，去救陈九爷；冯子明、楼楠、王如龙为一起，刺杀王直。
陈九爷被关入监狱当中，医生怀愧在心，偷偷释放陈九爷，却被倭寇发明，医生被倭寇杀死，陈九爷则被叶大正、毛子高、吴惟忠三人实时救出。冯子明、楼楠、王如龙刺杀王直，陷入围困。楼楠发明千智子的真实身份，惊异之下，被千智子乘机暗算。临死前，楼楠从怀中取出他一起画的画，交给冯子明。冯子明和王如龙杀开一条血路，突围而出，到山下和叶大正、毛子高、吴惟忠、陈九爷齐集。
王直派遣千智子刺杀戚继光。鸳鸯为救戚继光，牺牲了自己，替戚继光挡了一箭。一番恶战以后，千智子伏法。鸳鸯被埋葬在她母亲的坟旁。在鸳鸯的墓前，玉环送上鸳鸯绣完的大旗。
在陈九爷的带动下，招募官兵的工作进行得非常顺利。楼楠的画张贴在县衙门前，画上描画的满是楼楠沿途亲见的倭寇的暴行：倭寇杀人；倭寇纵火；倭寇奸通奸骗；倭寇虐待；倭寇发掘宅兆；倭寇把婴儿绑在竹竿上，用开水浇，看着婴儿啼哭，倭寇鼓掌笑乐。画前聚集百姓，观者皆义愤填膺。
在义乌城内遍地，陈九爷、冯子明、叶大正等人颁发演说，呼吁民众进入官兵，共抗倭寇。县府大院里人头攒动，满是前来报名的人。
新招募的官兵校场排队。戚家军正式成立，预备一起追击倭寇，务必全歼。戚继光登台，举刀训示：“犯强汉者，虽远必诛。”众将士拔刀。齐声高呼：“犯强汉者，虽远必诛。”
校场内刀光闪耀，戚家军的大旗在风中飘扬。
