曾经，一个高度发财的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知甚么缘由，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地域的Goa'uld人的舰队之後，列国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、增进国际合作与和平而通力合作。在研究过程当中，他们发明了Ancient离开地球后所去的处所——飞马座星系。因而，为了挖掘被藏匿的汗青、探索未知的世界，列国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门达到了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith，他们手艺先进、体魄硬朗，脾气粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发明了一个惊人的事实：...
