这是五十年后的将来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的排挤故事。 因为遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而落空均衡。在人类文化既有的火器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”胜利行使荒神细胞开发出了名为“神机”的生物火器。并同时组织了特别部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神匹敌的气力。
因而，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此睁开。在破灭的绝顶，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争起头了。GOD EATER的使命是把靠近地下栖身区的荒神击退，而且把荒神的焦点和素材带回。在这样的背景下，玩家将会饰演一位神机使，起头了与死亡擦身而过的每一天。
