过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担负统领，胜利缔造日本咒术界的鼎新，成为现代咒术之父。
大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光履行大规模咒术典礼以挽回大势，但结果典礼失败，不但做为履行者的夜光身亡，还激烈地侵扰首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮更名阴阳厅，负责处置日本各地－首要是东京－产生的灵力灾害，而阴阳师也因此活跃在现代的舞台之上。
土御门春虎是个诞生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门子女，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年炎天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下许诺现在却分道而行的两人，在此刻相见以后，土御门的汗青起头转动了起来......
