故事产生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的陆地设施“承平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界列国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项运用了人脸识别系统的“新手艺”的测试也在进行中……
另一方面，柯南和少年侦察团在园子的接待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被奉告欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀戮。为调查真相，柯南偷偷混进了前去“承平洋浮标”进行警备事情的黑田兵卫等警视厅职员乘坐的警备艇中，进入设施内部。以后，在为系统启动而稳步睁开预备事情的设施内，产生结案件——一位女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些谍报的U盘也落到了黑衣组织的手里。
海中传来使人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在静静靠近……
