已经，来自海洋的神秘仇敌“塞壬”向人类倡议了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭仗着她们钢铁般的意志与仇敌奋勇作战，终极击败了敌手，守护了人类。然而，随着时候的流逝，碧蓝航线内部由于理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对峙阵营。 被称为“灰色的鬼魂”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都模模糊糊但环节时决心外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年数不大但成熟体贴的大黄蜂（山本进展 配音），个性好强但心肠仁慈的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时势，当这些少女们再一次被推上疆场，会产生怎么的故事呢？
