夜神月设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的捕快，趁机混进了调查本部，可是，L对他的思疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。月和L的脑筋僵持迎来了新的场面。借着“赞助ICPO逮捕Killer”的理由，月潜入了调查本部。这样月就和对月虎视眈眈的L直接面对面的比武了。
可是，产生了月预想之外的事务，与死神硫克个性迥异的另一名死神雷姆也把自己的死亡笔记丢在了地球上，被一名崇敬Killer的小姑娘弥海砂捡到了。弥海砂自动和夜神月联系，答应辅佐他除掉L，前提是让月做自己的男同伙。弥海砂用自己一半的生命作价格取得了夜神月所没有的特殊能力“死神之眼”，这个能力能够直接看到对方的时辰就能知道对方的真名，是对于L的最强武器，以是月赞成了和小姑娘合作。可是就在弥海砂写下L的真名前，聪明的L先发制人，将弥海砂作为基拉嫌疑犯关进了Killer对策室，知道伙伴被监禁后，月也提出了将自己监禁的要求，可是一切都是在月的计算当中。夜神月为了救弥海砂，想到了一个绝妙的法子--摒弃死亡笔记所有权。
同时，由于建造煽惑性的跟踪报道“Killer”事务而风头大劲的樱花电视台产生了连续出人意表的工作，主播高田清美追踪Killer的过程当中发明了不为人知的秘密，随即第三名Killer出现了。两个死神，两本“死亡笔记”，三个Killer，一切扑朔迷离。死亡笔记的规则被发布于众，两个天才的脑筋斗智也在一个一个预想之外的事务中睁开。
