明代成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为太监独霸，混淆视听，陷害忠良，朝野表里沉默寡言。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客自告奋勇，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼惶惶不安。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出头干涉。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀怀孕孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一起辗转逃往关外，来到已经引发过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为阴险异常之地点。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队一触即发，环节时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
各方权势云集于此，新的正邪之战行将睁开，更有天大的秘密行将揭开……
