21世纪初，人类将大都人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前去能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所激发的时空曲解，致使人类回到的处所酿成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人配合执行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过决死战役胜利击倒了哥斯拉。
但喜悦并未延续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间延续发展生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿势的超庞大哥斯拉压服性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
抢救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，现在只剩下卵。应战者、抗争者，全数被火焰吞噬而消逝了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最初机遇了”。
另一方面，比尔沙尔德的批示官·加尔格，留意到弗图亚利用的箭头是由“自律思索金属体·纳米金属”所制作而欢乐。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战火器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物资所组成。这恰是那时的开发设备至今仍然残存的证明——。
