时候来到终极决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。
与此同时，世界各地接踵产生了各类入侵超现代遗迹的事务。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），世人开启了调查。
一场关乎宇宙前程命运的鏖战就此拉开序幕。
自告奋勇的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还怀孕处战役中间的特利迦奥特曼的面前出现的是……满身披发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。
为了守护朋友们的笑脸，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周 饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭 饰），将一同投身这场光与影的大决战！
