「超能干探」描述两位至交密友，陈一贤(郭晋安 饰)及方志强(刘锡明 饰)，两人至同志合一路考进了警察黉舍，后又分发到统一单元服务。
强生性仁慈没有心计心情，但处事有原则，不肯同流合污，是以屡遭局内同寅排斥。而密友贤则恰相反，他聪明机伶，做人有手腕、心计心情深，起妒忌心重，为了名利不择手段，是以很受同事长官器重。
一次，强在缉捕行动中受伤，枪弹贯穿心肺之间，事业式的存活下来，但却从此发生了「超能力」。强连自己也不太能理解为何能够「以眼代手」、「移形换影」或「电磁效应」。幸有一名怪杰沈节(谷峰 饰)，教强掌握自己的超能力。
强与贤在一次缉捕歹徒的行动中，惊险万分，贤失慎受枪伤，而强则在危急中，不知不觉的行使了超能力逮捕捉歹徒，强因此升职。
阮雯原为贤之女友，她一心一意守在贤身旁，但贤却因自私屡次萧瑟阮雯，令阮雯若有所失。强自小暗恋雯，乃时时给予鼓励；雯不受贤重视，找强倾诉，两人爱苗渐滋生。
贤妒忌强的升职，雯又向贤提出离婚，并坦言爱上贤，贤是以更加恼恨。强被长官指派为诱饵，险象环生中又以超能力捕捉歹徒，此时，高人石龙(王龙威 饰)出现，以高强的功力将歹徒灭口。
贤亲眼目睹石龙的超能力，乃奉告强，强一时大意，将子己拥有超能力之事坦言告之；贤乃求见沈节，沈节一眼看穿贤心术不正，劝他勿接近石龙，以免误入魔道。
但贤因公务不顺遂，巧遇石龙，石龙勾引他做门徒，贤名利薰心，起头向石龙进修超能力。
马凤儿(彭家丽 饰)因有时的机会，认识了强的母亲关静红(苏杏璇 饰)，两人颇为投缘，红不单将凤儿带回家，并要强照料凤儿。凤儿刁钻活泼，初时常捉弄强，但逐渐领会强的忠诚后，渐爱上强。贤因得知凤儿显赫的身世，行使强结识凤儿，贤渐对凤儿发生情愫，但凤儿却对贤没感觉，唯对强情有独钟。而雯虽屡遭凤儿言语及行动骚扰，却始终默默忍耐。
贤与强被分为差别的二组，配合冲击犯罪。但两组组长处事分歧，致使两组人马处处抢功；在配合追查一桩重大刑案时，石龙因介入此中，龙要胁贤干出杀人勾当，自此，贤身陷魔道而不行自拔。
强之师父沈节原是大陆公安，来港为逮捕超能力高人石龙回大陆受审。强在奋不顾身的追查下，真相逐渐被解开，正当他把握罪证据，却被石龙阻挡，龙正要向强下毒手时，幸亏沈节赶到，虽打走了龙但却身受重伤。凤儿也为了救强而牺牲了生命。
贤怕自己的业绩败露，不竭以超能力杀人，并设计陷害强，强虽知贤种钟恶行，但顾念往惜友谊，不肯与贤破裂。
龙见贤业绩败露，认为贤已无行使价值，欲杀贤，幸得强与节搭救。贤不知悔改，反而悟得更深之魔法，将石龙除去，并做恶不竭。
强忍无可忍，故意将雯遣至美国，并将红送回籍间，在无后顾之忧后，痛下决议和贤睁开一场生死大对决.....。
