革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间逢凶化吉，将诡计绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年景濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）胜利篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，行将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人布满不信赖感，时刻亲近监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡使命。蕾拉坚持和阿基德以及新进入的三个兵士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的劲敌……
