公元2029年，将下世界是高科技与信息化的世界。人类生活程度的进步陪伴着犯罪流动的高科技化，因而，专门镇压高科技犯罪的特别部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一名全身“义体化”的女警，率领公安9课不竭睁开行动。
是次，公安9课赞助公安6课秘密解决了一名程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事务。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不速之客，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场触及当局的阴谋当中。
本作按照1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完整重制的作品。
