某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来以后发明身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在珍爱对于日原本说非常珍贵的温泉。然而，横空出生避世的污垢达人博士（家弓家正 配音）诡计行使“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。 独一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只要仅存在于传说当中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发明该温泉正益处于小新他们家地下。小新一家人决议赞助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，而且终极沦为俘虏遭受了酷刑。
