2002年冬天，横浜大桥忽然被战役机炸毁，媒体虽然报道此为自卫队战机所为，但现实上这架战机却并不存在。民众普遍对自卫队发生了不信赖感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事务中失落的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机械人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的情人。民众的不信赖感达到了顶峰，处于戒严状况的东京面临着大骚乱，人们被行将爆发战争的危急笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的赞助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的着落。后藤召集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机械人进攻柘植的按照地……
本片是押井守导演推出了《灵活警察PATLABOR》的第二部戏院版。
