E.U.联盟和布里塔利亚帝国空费时日的战争在皇历2010年产生转机，帝国派出压服性的军力突袭远东日。在很短的时候内，日本这个国度不复存在，从此作为“11区”写入汗青。旧日本群众流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤激和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国戎行的围困，面临三军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的发起。可是在最为阴险的火线，他们可是肩负着牺牲自己来营救友军的悲痛命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）胜利实现使命。
而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危急浮出水面……
